A karintiai Griffenben született. Édesanyja szlovén származású parasztlány volt, aki 1942-ben ismerkedett meg egy Ausztriában állomásozó (nős) német katonával, akitől teherbe is esett. Még a gyerek megszületése előtt feleségül ment egy berlini villamosvezetőhöz, Adolf Bruno Handkéhoz, aki ekkortájt szintén Karintiában katonáskodott. Handke csak az érettségi előtt szerzett tudomást születésének körülményeiről, és biológiai apja kilétéről. A család 1948-ig Berlin szovjet megszállási övezetében élt, majd visszatért a szlovén határ menti Griffenbe. Handke 1954-től egy tanzenbergi bentlakásos katolikus iskolában tanult, majd egy klagenfurti gimnáziumban érettségizett. 1961-től a Grazi Egyetemen jogot hallgatott, és ebben az időben csatlakozott a Grazer Gruppe (Grazi Csoport) elnevezésű irodalmi körhöz, amelynek tagja volt többek között a ma már Nobel-díjas Elfriede Jelinek is. Handke 1965-ben félbehagyta tanulmányait, azóta csak az írásnak – és az írásból – él.

Lakhelye többször is változott Németország, Ausztria és Franciaország között, 1990 óta a Párizs melletti Chaville-ben él. Második felesége, Sophie Semin francia színésznő, lányuk, Léocadie 1992-ben született. Handkénak első házasságából is van egy lánya, Amina. Peter Handke az irodalmi életbe 1966-ban a Közönséggyalázás című darabjával robbant be. Az avantgárd műben a színészek azt teszik, amit a cím is sugall; a frankfurti ősbemutatón az előadás egy pontján a közönség el is akarta foglalni a színpadot. 1967-ben született A házaló című regénye, vagy inkább avantgárd kísérleti szövege. Kaspar című 1968-os drámája, amelyet az író maga „beszédkínvallatásnak” nevezett, a rejtélyes talált gyermek, Kaspar Hauser történetén keresztül az egyéniségét vesztett emberről, a nyelv iránti bizalmatlanságról szól. 1970-ben jelent meg A kapus félelme a tizenegyesnél című kötete, amelynek kisregényeiben Handke a mindannyiunkat körülvevő mindennapi világ újrafelfedezésére és újraértékelésére tesz kísérletet. Ebből a műből forgatta első játékfilmjét Wim Wenders német filmrendező. 1971-ben anyja öngyilkosságot követett el, ebből a tragikus élményből, a tisztázás, megértés folyamatából született meg a Vágy nélkül, boldogtalan című kisregénye. A hetvenes években az „új bensőségesség” híve lett, A rövid levél és a hosszú búcsú (1972) az én, a világ és az önmegtalálás viszonyát feszegeti, a Lassú hazatérés-tetralógia pedig önéletrajzi önreflexió. 1986-os sajátos felépítésű regénye Az ismétlés, amely lírai meditáció és elfogulatlan önvallomás érdekes ötvözete a szülőföldről, Ausztria kettős, osztrák-szlovén kultúrájú peremvidékéről, az itt élők bonyolult azonosságtudatáról.

Handke azóta is folyamatosan publikál, sajátos nyelvezetű és változatos formájú művei megosztják az olvasókat és kritikusokat. A film világa iránt is érdeklődik, tucatnyi film forgatókönyvét írta, ezek közül a legismertebb a Wim Wenders rendezte Berlin fölött az ég (1987), és ennek tíz évvel későbbi amerikai változata, az Angyalok városa. Ugyancsak Wenders vitte filmre 2016-ban Az aranjuezi szép napok című drámáját, amelyben a női főszerepet az író feleségére osztotta. Számos hangjáték és dráma is fűződik Handke nevéhez, továbbá a világ leghosszabb némajátéka. Az óra, amikor semmit nem tudtunk egymásról című darab száz perce alatt csak hangok, zörejek, zenetöredékek hangzanak fel, és igazi cselekménye sincs: a színen 450 szereplő halad át, de mindegyik csak egyszer. Handke az 1990-es évek elején, a délszláv válság idején nem csak irodalmi tevékenységével vonta magára a figyelmet. Ellenezte Szlovénia függetlenségi törekvéseit, a boszniai háború kirobbanása után pedig a „rossz” oldalra állt, és azt állította: a szerbeket csak a szenzációéhes sajtó tünteti fel agresszorként, valójában ők az áldozatok. Nézetei mellett rendületlenül kitartott, olyannyira, hogy 2006-ban beszédet mondott a háborús bűnök miatt perbe fogott, de a tárgyalás során elhunyt Slobodan Milosevic volt szerb, majd jugoszláv elnök temetésén. Szereplése óriási vihart kavart, Párizsban a Comédie Francaise letiltotta bemutatás előtt álló darabját, Düsseldorf városa pedig megtagadta, hogy folyósítsa a független zsűri által az írónak ítélt Heine-díjjal járó pénzösszeget. Ezután Handke le is mondott a kitüntetésről.

A szerző körüli viharok a 2010-es évek elejére lassan elcsitultak, hetvenedik születésnapján Strasbourg városa neki ítélte 15 ezer euróval járó irodalmi díját. 2013-ban az Osztrák Nemzeti Könyvtár átfogó internetes adatbázist hozott létre munkásságáról. 2014-ben megkapta a Nemzetközi Ibsen Díjat, az indoklás szerint „ötvenéves írói pályája során a drámairodalmat olyan gyakran, meglepően és radikálisan definiálta újra, mint egyetlen más élő költő sem”. Magyarul több műve is megjelent, köztük A kapus félelme tizenegyesnél, a Gyerektörténet, a Kaspar, a Vágy nélkül, boldogtalan, a Végre egy kínai és Az ismétlés.