A Somogy vármegyei Göllén született Fekete Árpád tanító, iskolamester és Sipos Anna első gyermekeként. Egyik őse a nagy francia forradalom menekültje, dédnagybátyja pedig Damjanich János 1848-as honvédtábornok, aradi vértanú volt. A család 1909-ben Kaposvárra költözött, és István az ottani gimnázium tanulója lett. Mivel félévkor és év végén is megbukott, a szigorú édesapa átíratta a polgári fiúiskolába, ahol végre önmagára talált a kamaszodó fiú. 1915-ben felsőkereskedelmi iskolába iratkozott, 1917-ben besorozták katonának, és az 1918-as hadiérettségit követően tartalékos tiszti iskolába került.

A katonaruhát csak 1926-ban vethette le végleg. 1923-ban felvették a debreceni Gazdasági Akadémiára, ám az Alföldön nem érezte jól magát, visszavágyott a Dunántúlra, 1924 januárjától Mosonmagyaróvárott folytatta tanulmányait. Az iskola elvégzése után, 1926-ban Bakócán lett gazdatiszt. Itt szeretett bele a helyi belgyógyász-főorvos leányába, Piller Editbe, akivel 1929-ben házasságot is kötött. Az esküvő után Ajkára költöztek, ahol gazdatiszt lett a holland származású földbirtokos, Nirnsee Ferenc birtokán, 1930-ban lányuk, két évvel később fiuk született.

Fekete István író otthonában, Bogáncs nevű pulikutyájával, 1967-ben (forrás: MTI Fotó: Patkó Klári)

Fekete István tehetsége, szakmai felkészültsége, gyakorlati érzéke és tenni akarása nyomán hamarosan fellendült a birtok: tejüzemet szervezett, búzavetőmagot nemesített, az irányításával tenyésztett merinói kosok számos díjat nyertek. Mindeme tevékenység és a család mellett igazán ekkor jutott ideje az írásra is. Még diákéveiben, mint oly sok kamasz, ő is verselgetett, rövidebb prózával kísérletezett, de kiforrott, egyéni stílusú íróvá ezekben az években érett.

Vadászattal kapcsolatos cikkeit 1933-tól a Kittenberger Kálmán szerkesztette Nimród közölte, 1936-tól pedig az Új időkben jelentek meg novellái. 1937-ben A koppányi aga testamentuma című regényével megnyerte a Gárdonyi Géza Társaság regénypályázatának első díját, majd két évvel később a Zsellérek című regénye aratott sikert az Egyetemi Nyomda pályázatán. 1940-ben a Kisfaludy Társaság tagjai sorába választotta, és ebben az évben jelent meg Hajnalodik című színdarabja, amelyet csaknem százszor játszottak a Magyar Színházban és a Kamaraszínházban, mindannyiszor telt ház előtt. 1940-ben Bánki Viktor filmrendező forgatókönyv készítésére kérte fel, s így született meg a Doktor Kovács István, amely ismét sikert hozott számára.

Fekete István író otthonában, 1967-ben (forrás: MTI Fotó: Patkó Klári)

Az uradalmi munkát ekkor már egyre terhesebbnek, írói munkája akadályozójának érezte. 1941-ben végül elhatározta magát, családjával Pestre költözött, és a Földművelésügyi Minisztérium vadászati előadója lett. Sorra jelentek meg művei, regényei és novelláskötetei, de tanult szakmáját sem hanyagolta el, oktatófilmek forgatókönyveit írta a földművelés, az állattenyésztés, a gazdálkodás témakörében.
A második világháború után állása megmaradt, két könyve is megjelenhetett, de egyes állítások szerint a rettegett államvédelem, az ÁVO megkínozta. Amikor 1949 tavaszán a minisztériumot "megtisztították a reakciós elemektől", Fekete Istvánt is nyugdíjazták. Ezt követően a nélkülözés évei köszöntöttek a családra: könyveit nem adták ki, állandó foglalkoztatást sehol sem kapott, alkalmi munkákból jutott némi jövedelemhez, volt uszálykísérő, patkányirtó, napszámos. 1951 őszétől oktató volt a kunszentmártoni Halászmesterképző iskolában, majd leszázalékoltatta magát.

1955-ben Bölöni György segítségével térhetett vissza az irodalomba, Halászat című munkáját tankönyvként adták ki, majd előbb a Kele, később a Lutra című regényeket jelentette meg a Magvető Kiadó. 1957-től sorra aratnak sikert máig is népszerű ifjúsági regényei: Bogáncs, Tüskevár, Téli berek, Hu, Vuk, Kittenberger Kálmán élete.

1960-ban a Tüskevárért, amelyből remek tévésorozat is készült, József Attila-díjat kapott. A hatvanas évek közepétől háromkötetesre tervezett önéletírásán dolgozott, melyből 1965-ben megjelent a Csend, s 1970-ben elkészült a Ballagó idő is. Többre már sem ideje, sem ereje nem maradt: előbb 1968-ban, majd 1969-ben is szívinfarktust kapott, amelyből még sikerült felépülnie. A harmadik azonban végzetes volt, s 1970. június 23-án Tárogató utcai otthonában örökre lehunyta szemét.

Népszerűsége mindmáig töretlen, ami annak is köszönhető, hogy művei számos feldolgozásban kerültek a közönség elé, elég a Vuk című rajzfilmre vagy A koppányi aga filmváltozatára gondolnunk. A természettel együtt élő és érző, annak titkait jól ismerő ember volt, írásaival új műfajt teremtett, mellyel a civilizáció révén a természettől eltávolodott embert újra természet közelelségébe tudta hozni. Bár elsősorban ifjúsági és "állatregényíróként" emlegetik, még utóbbi köteteiben is - csak úgy mellékes könnyedséggel - zseniális emberábrázoló. Műveit, szemet simogató sorait, kristálytiszta, pihentető prózáját, humorát a felnőttek talán még jobban élvezhetik, mint az ifjabb olvasók.

1987-ben alakult meg a nevét viselő Irodalmi Társaság, amely Fekete István irodalom- és természetszerető hagyományainak ápolását és folytatását tekinti fő feladatának. 2014-ben pedig Keszthelyen megnyílt Fekete István-emlékszoba és a Tüskevár panoptikum.