A Magyar Passió 1950-ben játszódik, amikor Leopold atya azon dolgozik szerzetestársaival, hogy a háború után újjáéledő országban a ferences rendet ismét felvirágoztassa. Kezdetben a kommunista hatalom nem akadályozza őket tevékenységükben, még a háborúban elrejtett kegytárgyaikat is visszakaphatták. Ez a „békés” állapot nem tart sokáig. Leopold atyát koholt vádak alapján letartóztatják és, hogy megtörjék, kegyetlen vallatások alá vetik. Volt diákját, a vallásnak hátat fordító fiatal tisztet, Keller főhadnagyot bízzák meg - Fjodorov őrnagy parancsára - a beismerő vallomás kicsikarásával, akinek az egyre durvább kínzások során a saját erkölcsi határait kell átlépnie. Az atya kitartása, ellenállása azonban mindent megváltoztat…